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抑制剂 Cocktails
微秒级长时模拟超算平台优势
高性能计算机
百万级原子体系计算效率高达10微秒/天
更动态
直观观察蛋白作用方式
更精准
观察更多蛋白质生理现象
性价比高
为您定制符合预算的药物发现方案
微秒级长时模拟超算平台
Provided by TargetMol
借助冷冻电子显微镜技术，结构生物学家能够捕捉到超高清的蛋白质分子“影像”，其结构细节清晰可辨。然而，若要洞悉蛋白质的动态变化过程，则需要分子动力学模拟方法（Molecular Dynamics），它对于探寻药物靶点口袋、设计高效结合的小分子等至关重要。但长久以来，算力发展的落后严重制约分子动力学模拟的应用。
2016年，Relay Therapeutics公司仅凭18个月的时间与不足1亿美元的投入，便成功解析了一款针对胆管癌的高选择性FGFR2抑制剂药物RLY-4008的结构。该药物在临床二期试验中表现出色，客观缓解率(ORR)高达88.2%，疾病控制率(DCR)更是达到了100%。这一成就得益于超级计算机的助力，通过长时间的蛋白质模拟指导新药设计，极大地降低新药研发的周期和成本。
案例1: 天然产物与靶点蛋白结合的作用点位探索
动态模拟解析了天然产物与靶标蛋白相互作用并形成稳定复合物的过程；
由未发生相互作用的蛋白构象开始，对天然产物诱导的蛋白-配体复合物的形成机制进行模拟MD 1.7 μs 开始形成稳定的蛋白-配体复合物结构，是目前第一次动态观测到该天然产物与蛋白形成复合物的过程
MD 3 μs表明天然产物诱导蛋白-配体复合物形成是小分子诱导蛋白-配体相互作用的过程，会诱导靶标蛋白发生构象变化并最终达到稳定状态
案例2: HSP90降解剂lw13诱导形成HSP90-lw13-CRBN三元复合物
★ 动态模拟解析了PROTAC降解剂诱导三元复合物的稳定过程
★ 在添加降解剂lw13的情况下，降解剂lw13前期不断调整构象，在2.5us时达到稳定状态（蓝色）
★ 降解剂lw13诱导HSP90-lw13-CRBN三元复合物长期保持在稳定的状态（红色）
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