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• 高分辨率结构显示PPI界面通常是平坦且较大的(每侧大约1000-2000 A2),被认为难以靶向。
• 对蛋白质界面的突变分析显示,并非所有界面上的氨基酸残基都是关键的,而是一些小的“热点”提供了大部分的结合能。热点倾向于在界面中心聚集,覆盖了与小分子大小相当的区域,具有疏水性,并显示构象适应性。
• 调节PPIs在广泛的疾病中提供了丰富的治疗干预机会。
PPI CDI Library
ChemDiv的小分子化合物库,专注于蛋白质-蛋白质相互作用,包含205,497个化合物。
蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)是细胞结构和功能的基本组成部分,是无数生理和病理过程的基石。这些相互作用对于协调细胞内的各种生物活动至关重要,从酶催化、信号转导到基因表达的调控和结构完整性的维持。PPIs在生物系统中的复杂性和普遍性使其成为治疗靶点的丰富资源,无论是在细胞内还是细胞外环境中。
PPIs几乎涉及每一个细胞过程,影响生物功能的关键方面,如酶活性、亚细胞定位和结合动力学。这种广泛的参与强调了它们作为治疗干预靶点的潜力,能够通过精确调控细胞通路来调节疾病状态。
人类相互作用组,一个庞大的蛋白质-蛋白质相互作用网络,估计包含约400,000个个体相互作用。这一惊人的数字反映了支撑细胞功能的复杂连接网络,并突显了在治疗开发中靶向特定相互作用的巨大潜力。
蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)界面的结构分析表明,这些界面通常具有大而平坦的特征,每个相互作用面的面积大约在1000到2000平方埃之间。这种空间构型传统上给治疗靶向带来了挑战,因为这些界面的广阔和平坦特性使得设计能够有效破坏或调节相互作用的分子变得复杂。
然而,蛋白质界面的突变分析为这些位点的结合性质提供了关键见解。Arkin和Wells(2004年)以及Clackson和Wells(1995年)的研究表明,并非PPI界面中的所有残基对相互作用都同等重要。相反,少数“热点”主要负责稳定相互作用的结合能。这些热点通常集中在界面中心,占据的面积与小分子化合物相当,表现出疏水特性,并具有构象灵活性。这一理解为开发针对这些关键区域的小分子抑制剂开辟了新的途径,提供了一种克服通常大而平坦的PPI界面所带来挑战的策略。
蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)的调控在治疗干预中具有巨大的潜力,为影响多种疾病状态提供了途径。通过针对在疾病发病机制中起关键作用的特定相互作用,研究人员可以开发出既高度特异性又有效的治疗方法。这种方法有潜力通过直接针对这些疾病背后的分子相互作用,彻底改变从癌症和传染病到神经系统疾病和炎症性疾病的广泛治疗。
专门设计用于靶向PPIs的小分子化合物库的开发代表了药物发现和治疗开发领域的重大进展。该库为研究人员和临床医生提供了关键的资源,提供了多样化的分子库,可以筛选和优化以高特异性和高效性调节PPIs。这种库的好处是多方面的,包括加速药物发现过程,增强我们对PPI动态及其在疾病中作用的理解,以及为以前认为无法治疗的疾病发现新的治疗策略的潜力。通过专注于PPI界面中的关键热点,这些小分子提供了精确的作用机制,可能导致副作用更少、安全性更高的治疗方法。此外,结构化和良好表征的化合物库的可用性促进了先导化合物的快速识别,简化了从初步发现到临床应用的路径。本质上,该库不仅扩大了可靶向PPIs的范围,还为可能显著影响患者护理和结果的创新治疗方法的开发铺平了道路。
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• 高分辨率结构显示PPI界面通常是平坦且较大的(每侧大约1000-2000 A2),被认为难以靶向。
• 对蛋白质界面的突变分析显示,并非所有界面上的氨基酸残基都是关键的,而是一些小的“热点”提供了大部分的结合能。热点倾向于在界面中心聚集,覆盖了与小分子大小相当的区域,具有疏水性,并显示构象适应性。
• 调节PPIs在广泛的疾病中提供了丰富的治疗干预机会。