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目前在临床开发阶段的后一类别的化合物包括来自不同化学类别的化合物。负责与配体氢键作用的关键氨基酸被设定为来自铰链区域的Cys919,以及保守的Glu885和Asp1046。识别并包含在VEGFR-2结合位点的两个疏水区域用于对接约束:第一个区域由Phe1047的DFG外构象重排形成,第二个区域是 Ile892、Leu1019、Phe1018内形成的一个扩展疏水口袋。使用DOCK4.0-6.0程序进行了分子对接及随后的结果分析。使用GROMACS软件进行了分子动力学(MD)模拟和蛋白质结构的准备。配体分子经过GAMESS和GROMACS处理。仅选择符合Lipinski和Veber规则的化合物进行对接筛选。