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核受体对接库
Life Chemicals的核受体靶向库包含通过蛋白质-配体对接方法选择的筛选化合物。为此,我们采用了Schrödinger的Glide软件。利用核受体的可用晶体结构(雌激素、雄激素、孕激素、糖皮质激素、矿皮质激素、RAR、RXR、PXR、ROR α/γ)、LXR、PPAR、甲状腺激素受体),为其分配了一些氢键和疏水约束条件,结合结合位点的静电图,用作对接/筛选模型。为了评估对接过程的效率,每个模型都使用一个参考集进行验证(根据目标的不同,参考集中包含50至1,100个已知核受体拮抗剂活性的化合物,IC50低于1 µM),以及一组从ChEMBL数据库中随机提取的非活性化合物。
通过对Life Chemicals HTS化合物库中的所有化合物进行计算筛选,选择了约12,800个潜在的核受体调节剂。利用PAINS筛选器去除了不需要的结构。这些化合物根据从对接参考集中获得的对接得分进行排名。
基于2D相似性的核受体配体库
这个基于配体的库是通过对ChEMBL数据库中记录的核受体生物活性进行2D指纹相似性搜索来选择的。最小Tanimoto指数设定为0.85,从而得到大约68,000个核受体调节剂的类似物。进一步通过Lipinski的五项规则、PAINS筛选器以及有毒/反应性基团的标准对化合物进行了筛选,将化合物的数量缩小到了31,900个类似药物化合物的核受体配体库。