>分⼦对接

分⼦对接是通过受体的特征以及受体和药物分⼦之间的相互作⽤⽅式来进⾏药物设计的⽅法。它主要研究分⼦间（如配体和受体）的相互作⽤，并预测其结合模式和亲合⼒。

分⼦对接理论基础

1）空间匹配：

空间匹配是分⼦间发⽣相互作⽤的基础。只有当分⼦间的⼏何形状相互匹配时，它们才有可能在物理上接近并发⽣进⼀步的相互作⽤。

2）能量匹配：

能量匹配是在空间匹配的基础上进⾏的进⼀步评估。它关注的是分⼦间相互作⽤的能量变化，特别是结合⾃由能的变化。

分⼦对接的⼀般流程

>分⼦对接⽅法的分类

按照分⼦对接构象采样的原理可分为刚性对接、半柔性对接和柔性对接。

按照分⼦对接的对象类型可以分为蛋⽩-⼩分⼦对接、蛋⽩-蛋⽩对接和蛋⽩-核酸对接。

分子对接案例

1）蛋⽩-蛋⽩对接

蛋⽩-蛋⽩对接的常⻅策略主要有两种：

模板基础构建：将已有的同源蛋⽩结构作为模板构建⽬标蛋⽩复合物，随后对得到的结构进⾏优化，以提⾼其结构的稳定性和可靠性。

构象采样与评分：固定⼀个蛋⽩，对另外⼀个蛋⽩进⾏充分地构象采样，对得到的构象采⽤打分函数进⾏排序，通常选择得分较低（能量较低）的构象作为最优解。

2）蛋⽩-核酸对接

核酸相较于蛋⽩质具有更⾼的柔性和更强的极性。现有的蛋⽩-核酸复合物的结构数据远远少于蛋⽩-蛋⽩复合物，限制了可供参考的信息。因此，蛋⽩-核酸对接通常⽐蛋⽩-蛋⽩对接更具挑战性。⽬前常⻅的⽅法是采⽤打分函数计算核酸和蛋⽩之间的亲合性，从⽽得到蛋⽩-核酸的低能稳定构象。

【蛋⽩-核酸结合模式展⽰样图】

3）蛋⽩-⼩分⼦对接

蛋⽩-⼩分⼦对接通常采⽤半柔性对接的⽅法。在对接过程中，蛋⽩通常固定不动，对⼩分⼦进⾏构象搜索以探索不同的结合可能性。通过打分函数对每种可能的构象进⾏评估和排序，选择最优的结合构象进⾏分析展⽰。由于⼩分⼦整体较⼩，需要考虑的因素相对较少，这使得蛋⽩-⼩分⼦对接在药物设计中得到⼴泛的应⽤。

【蛋⽩-⼩分⼦对接案例：⼩分⼦配体结合模式展⽰】