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SARS-CoV-2 papain-like protease targeted library
SARS 冠状病毒 2 型木瓜蛋白酶 (PLpro) 是 NSP3 多结构域蛋白的一部分。它对冠状病毒的复制至关重要。PLpro 还具有从宿主细胞蛋白质中分离泛素和 ISG15 的额外功能,以帮助冠状病毒逃避宿主先天性免疫应答。因此,这种酶是一个有吸引力的抗病毒药物靶标。
OTAVA 提供 SARS-CoV-2 木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro) 靶向库,其中包含 1051 个化合物,这些化合物预测对这种蛋白酶具有活性。
该库是基于受体的虚拟筛选设计的,使用了SARS-CoV-2 PLpro的晶体结构(PDB ID: 6W9C)。整个过程包括将药物样绿色集合精确灵活地对接到蛋白酶切割位点。最终选择化合物时,检查了配体结合的关键结构决定因素、对接得分以及与关键活性位点氨基酸残基之间的分子间氢键,包括经典的催化三联体,由Cys111–His272–Asp286组成,位于拇指和手掌亚结构域的交界处。
所设计的 SARS-CoV-2 木瓜蛋白酶类蛋白酶靶向文库仅包含类药物化合物 (PAINS 化合物被过滤掉)。该库旨在筛选项目,以发现新的化合物的活性对 SARS-CoV-2。