HERV-K抑制剂库

库设计：
首先，使用BLAST工具对两个序列进行比对，以识别可能指示功能和结构关系的相似区域。尽管各种同源物显示出显著的相似性，但尚未有实验确定的蛋白质结构被报道。因此，在三种不同的计算机模型上进行了对接。
优先采用了UniProt数据库中的AlphaFold模型。此外，VPK7模型（涵盖9至117个氨基酸残基）以及全原子蛋白质结构均从SWISS-MODEL（QMEANDisCo Global：0.58 ± 0.06）和I-TASSER工具中获取。模型质量在MolProbity中进行了评估。Clashscore指标包括所有原子：AlphaFold = 2.07，SWISS-MODEL = 2.4，I-TASSER = 13.61。Ramachandran分析显示，在AlphaFold模型中，94.2%的残基位于优选区域，100.0%位于允许区域；而在SWISS-MODEL模型中，98.1%的残基位于优选区域，100.0%位于允许区域；在I-TASSER模型中，66.0%的残基位于优选区域，89.5%位于允许区域。
基于对接的虚拟筛选协议（采用Schrödinger公司的Glide软件，SP模式）已被用于在Life Chemicals高通量化合物库中搜索潜在的VPK7活性位点结合物。未使用任何对接约束，以便对接算法能够尽可能多地探索配体的位置和方向。
对生成的化合物库进行了相互比较，仅筛选出与所有三种蛋白质模型均发生相互作用的化合物。此外，还应用了内部药物化学（MedChem）和PAINS结构过滤器。

主要特点：

• 方法：高通量虚拟筛选（对接）
• 使用的X射线数据：无
• 约束条件：相互作用位点DTG
• 使用的过滤器：PAINS、毒性、反应性
• 选定的化合物数量：700

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。