3CLpro Library
很棒ChemDiv 的3CLpro 库包含4,792个化合物。 3CLpro，又称Mpro，是一种新冠蛋白酶，负责将一个长长的肽链切开，切成不同的有功能的蛋白。冠状病毒是单链正义RNA 病毒，具有大型病毒RNA 基因组。通常情况下，β-冠状病毒在基因组转录后产生一个约800 kDa 的多肽。该多肽通过蛋白酶解割生成各种蛋白质。蛋白酶解由PLpro 和3-胱抑肽酶样蛋白酶（3CLpro）介导。冠状病毒的3CLpro 属于胱抑肽酶样蛋白酶，不同的是它们在催化二元组中使用半胱氨酸作为亲核试剂，而不是在催化三元组中使用丝氨酸。3CLpro 在溶液中存在单体-二聚体平衡。每个单体由三个结构域组成：结构域I 和结构域II 包含催化位点和胱抑肽酶样骨架，并通过一个长环连接到第三个C-末端结构域。
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产品描述3CLpro 在病毒颗粒的复制中起着关键作用，与结构/辅助蛋白编码基因不同，它位于表现出过度变异性的3'端。3CLpro 在不同冠状病毒中的重要功能和保守性使主要蛋白酶成为当前已知和未来出现的冠状病毒的理想药物靶点。一些具有抗炎和抗病毒效果的天然化合物及其衍生物对3CLpro 具有高结合亲和力。
3CLPro 库是SaRS-CoV（2）靶向库的一个子集。具体而言，我们使用3D 结构相似性虚拟筛选和APF 算法构建了3CLPro 集。对于3CLPro 子集的主要部分，我们使用4TWW PDB X 射线结构中的配体作为3D APF 模板进行化合物选择。
虚拟筛选（即APF 对齐）是在将蛋白质（即4TWW PDB X 射线结构）设置为排除体积的情况下，对于3CLPro 子集的一小部分，我们使用了一系列设计分子作为3D APF 模板。
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