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SARS-CoV-2化合物库的详细方法及相关参考文献已在相应的幻灯片中全面总结。具体而言,3CLPro子集是通过3D形状相似性虚拟筛选方法,采用原子对指纹(APF)算法进行选择的。
对于3CLPro子集的主要部分,化合物是使用4TWW PDB X射线结构的配体作为3D APF模板进行筛选的。虚拟筛选过程涉及APF对齐,通过将蛋白质(即4TWW PDB X射线结构)设置为排除体积来进行。这种方法确保所选化合物与蛋白质的结合位点互补,避免与蛋白质结合的区域。对于3CLPro子集的一小部分,我们利用了一系列与Insilico Medicine合作开发的设计分子作为3D APF模板。这一策略促进了新型化学空间的探索,可能有助于识别针对SARS-CoV-2的3CLPro酶的独特抑制剂。