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库设计:
最初,通过SMMRNA、PDB、RBIND、FDA、NALDB、PubChem和ChEMBL等数据库,筛选出约4000种已报道的能够与RNA结合的分子。随后,通过剔除解离常数(Kd > 10 μM)或抑制值(IC50等)低于或等于10 μM的化合物,将这一初始参考集缩小至约3200种。
接下来,针对Life Chemicals高通量化合物库进行了二维相似性搜索,通过将Tanimoto和Tversky指数分别设置为≥0.80和≥0.85,以关注高多样性。利用基于片段/化学哈希指纹来比较化合物的结构。为了进一步优化化合物选择,采取了多种措施,特别是去除被识别为PAINS的化合物、删除含有反应性基团的化合物,并应用内部开发的药物化学过滤器。最终,获得了超过40,000种已报道的RNA抑制剂的类似物。
随后,通过考虑化学多样性对文库进行了进一步优化。主要生化特性和物理化学描述符作为补充数据包含在文件中。最终,这一严格的筛选过程产生了超过22,300种类药筛选化合物。