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设计该化合物库的方法基于将Life Chemicals高通量筛选化合物库灵活分子对接至每个药物靶点的PPI界面,以预测具有最高亲和力的分子,从而具备阻止与结合伙伴相互作用的能力。在合理范围内,允许使用多种对接约束(位置、氢键、金属螯合)以及参与蛋白质-配体相互作用的氨基酸可旋转基团。
为了涵盖包括拟肽分子在内的相关化学空间,该库并未遵循Lipinski's五规则。每个筛选子集均包含无PAINS、无毒性和无反应基团的类药筛选化合物,这些化合物是潜在的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)结合物。以下PPI相关分子靶标为筛选目标:
Keap1
BCL‑2
MDM2–p53
LFA1–ICAM1
αIIbβ3
IAP
BET溴结构域
BRD9