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进行首选骨架选择时使用了以下要求:
富含sp3杂化(Fsp3 ≥ 0.4),以确保其复杂性和因此的3D多样性;
至少含有2个,最好更多的多样化点,可以引入识别结构元素,如蛋白质中的氨基酸侧链,最好是具有高螺旋倾向性的侧链(例如异丙基、异丁基、苄基、羧基、氨基烷基、羟基烷基羧酰胺基团、咪唑、吲哚环等);
含有“特权结构”(privileged structures)的基团,例如哌嗪、吡啶(包括3-或4-胺、羧酰胺等)、吡咯烷(包括3-胺、羧酰胺等)、(苯基)-1.4-二氮杂环己烷、脯氨酸(包括非常规脯氨酸)等;
含有天然产物中存在的基团;
脂溶性/亲水性平衡;
构象约束性(例如螺环和桥环杂环系统)。