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库设计
该库采用2D指纹相似性搜索方法针对来自多个生物活性分子数据库的参考化合物集进行设计,包括两个部分:
磷酸酶专注库 - 第一部分
我们使用已知的12,516个生物活性化合物(PubChem中活性(IC50等)≤ 1 µM)作为参考集进行相似性搜索,这些化合物在88个酶活测定中(PubChem、DrugBank、ChEBI DBs数据库)表现出了其活性。通过使用MDL公共键和Tanimoto相似性阈值为85%,在Life Chemicals HTS化合物库中搜索与参考数据库中的化合物相似的小分子。库中标明了符合Ro5标准的化合物,并排除了具有反应性、毒性或PAINS特性的化合物。结果,我们确定了超过2,100个类药化合物,并将其添加到该库中。
磷酸酶专注库 - 第二部分(与ChEMBL数据库的相似性搜索)
基于ChEMBL数据库条目,准备了一个包含3,395个独特报道的磷酸酶抑制剂的化合物参考集,根据接受的最大活性值(IC50 < 1 uM)。随后,使用Sybyl-X的Unity模块生成的2D指纹进行相似性搜索,通过设定Tanimoto相似性阈值为85%,我们能够确定并添加到该库中近600个已知磷酸酶结合物的类似物。