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该化合物库的构建运用了ChemDiv公司内部的结构生物学洞见、分子建模与模拟技术以及虚拟筛选方法。我们的化合物库采用了新颖的化学合成方法和药物化学技术,对潜在的活性分子进行筛选和排序。该库中一个关键的“可成药” “热点”由MDM2-p53相互作用的特定拓扑特征所表征。例如,共晶结构显示,p53的三个氨基酸残基(Trp23、Leu26和Phe19)对于与MDM2的疏水键合至关重要。此外,已结合MDM2的已知小分子的共晶结构验证了靶向这三个疏水区域以有效破坏MDM2-p53蛋白质-蛋白质相互作用的重要性。
ChemDiv在设计该化合物集中的子库时,采用了多种计算机筛选方法和特定的空间蛋白质-蛋白质相互作用相关数据。子库以支架为中心,这些支架投射的侧链功能基团的距离和角度特性与p53的MDM2相互作用基序相似。