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基质金属蛋白酶(MMPs)是一大类依赖锌的内切蛋白酶。它们存在于生命的各个界中,属于具有催化锌原子的活性中心的metzincin超家族金属蛋白酶。已经鉴定出至少25种不同的脊椎动物MMPs,其中24种存在于人类中:胶原酶(MMP类型-1、8、13)、明胶酶(MMP 2、9)、MT-MMPs(MMP 14、15、16、17、24、25)、基质降解蛋白酶(MMP 3、10、11)、基质蛋白酶(MMP 7、26)以及其他类型12、19-21、23A / B、27、28。
库设计
首先,从CHEMBL数据库中获取了大约30,000个已知MMPs阻断活性的参考化合物。这些化合物经过筛选,只保留了那些对MMPs具有中等和高活性的化合物,将集合缩小到7,085个化合物。然后,对参考集合进行了与Life Chemicals HTS化合物库的2D分子指纹和两个相似性度量(Tanimoto > 0.75)的相似性搜索。随后,应用了Lipinski的五项规则过滤,只保留了类药化合物。此外,剔除了PAINS化合物以及那些具有“不良”和反应性基团的化合物。