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PI3K的结构经过深入研究,已经在蛋白质数据库上发布了许多X射线结构。因此,利用现有的结构信息,我们采用基于受体的方法设计了潜在的PI3K抑制剂作为有前景的抗癌剂的Sharp-Focused库。
库设计
基于3BV2 PDB条目,构建了蛋白结合位点的Unity查询模型,并通过共结晶配体的对接验证,其RMSD值为1.3Å(在SYBYL-X中使用UNITY和Surflex-Dock应用程序)。以下氨基酸残基被确定为重要的,因此它们被用于Unity查询特征的准备:Val822、Tyr867、Asp836、Asp841、Lys833(负责形成极性接触);Leu845、Tyr876、Ile879、Ile936(疏水相互作用)。使用五规则限制和PAINS结构过滤器对Life Chemicals库进行了筛选。然后,从筛选后的化合物中准备了配体数据集进行虚拟筛选。筛选过程在UNITY工具中使用柔性搜索启动。使用QFit评分数据提取命中化合物,并准备最终的PI3K靶向库。