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库设计
针对以下目标,使用所有可用的蛋白质和配体结构数据进行了潜在活性物质的搜索:吲哚胺二氧化酶(IDO)、色氨酸二氧化酶(TDO)、3-羟基蒽醌酸二氧化酶(3-HAO)、犬尿氨酸氨基转移酶(KATs)和犬尿氨酸3-单加氧酶(KMO)。
筛选模型的制备和验证
从PDB检索了所有可用的目标的3D结构。通过结构的交替对齐和比较,发现每个单独的蛋白质目标的序列相似性都高于90%,RMSD在0.4 - 0.71 Ų的范围内。考虑到所有代表性结构,仅选择一个用于模型的制备,同时考虑到配体结合参数(蛋白质-天然配体)和结合位点的几何参数。
分子对接和药效团搜索
基于已知活性化合物和“蛋白质-天然配体”复合物,构建和验证了基于配体的(IDO:3个,TDO:4个,KATs:3个,KMO:2个)和基于结构的(IDO:3个,TDO:6个,3-HAO:2个,KATs:3个,KMO:4个)药效团模型。然后对包含超过1百万个化合物的药物样库(Enamine数据库)进行了筛选。
总体而言,这种方法旨在识别潜在的对于犬尿氨酸途径具有活性的化合物,并为代谢紊乱领域的药物开发提供起点。