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蛋白激酶是一类广泛存在的酶,可以影响底物的反应性和结合特性,并通过催化磷酸化反应调节能量平衡。因此,激酶在细胞生命的许多阶段中起着至关重要的作用。蛋白激酶活性调节剂已经被确定为制药行业的重要药物靶点类别。对这一类靶点持续高度的兴趣反映了选择性蛋白激酶抑制剂的发现进展,以及越来越多的人认识到这些药物为一些难以治疗的癌症和免疫性疾病提供了一种新的、耐受性良好的口服治疗方法。
库设计
首先,使用Lipinski的五规则和内部MedChem过滤器对Life Chemicals的高通量筛选化合物库进行了筛选,去除了毒性基团和不需要的官能团。在SYBYL-X中生成了3D结构,并在LigPrep程序(Schrödinger软件包)中准备了配体数据集。利用对应的PDB条目中记录的蛋白质-配体结构,在SYBYL-X中进行了分析和优化。然后,通过生成结合位点的网格图来识别配体与结合相关的关键残基和特征。对接过程使用Glide对接工具进行,该工具基于静电网格图和疏水区域中的约束提供详尽且可调的搜索。使用已知生物活性数据的一套参考蛋白激酶抑制剂验证了蛋白质结合位点模型和对接过程。最后,根据对接验证实验结果的评分值选择了该筛选库的化合物。