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ChemDiv 的软件算法旨在提供更高的化合物亲和力和选择性。它通过图神经网络处理代表各种分子构象的药效团模型集合来运作。首先,它为每个分子生成一组三维构象。然后,为每个构象创建相应的三维药效团假设。除了药效团数据外,包含分子指纹和物理化学描述符的向量也被输入到神经网络中。在网络中,每个药效团假设被独立处理并转换为固定长度的数值向量。这些向量随后被平均以形成广义药效团向量。该向量与分子指纹和物理化学描述符结合,被传递到网络的最后一层。输出由50个值组成,范围从0到1,表示所研究分子影响50个目标中每个目标的可能性。对于每个目标,应用特定的二值化阈值将这些概率转换为二进制分数,其中0表示IC50 > 1 µM,1表示IC50 < 1 µM。