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经典组蛋白去乙酰化酶(HDAC)的I类、II类和IV类是一类有前景的新型表观遗传抗癌药物靶点。抑制组蛋白去乙酰化酶导致组蛋白的高乙酰化,通过创建开放的染色质状态调控基因表达,使先前被沉默的基因得以表达。尽管作用机制尚未完全理解,但抑制HDAC已被观察到能引起癌细胞的细胞周期停滞和凋亡。首个HDAC抑制剂已经在临床试验中进行评估,并对多种癌症表现出活性。临床试验中和试验外的大多数HDAC抑制剂无特异性地抑制所有HDAC亚型(即所谓的全谱抑制剂)。近年来,针对性HDAC抑制剂的研究得到了增加的关注,已经开发出几种类别选择性和一些亚型选择性的抑制剂。通过检查HDAC活性位点的关键结构决定因子(包括与Zn2+的必要相互作用)来实现选择性靶向,通过对大约1,000个已知HDAC抑制剂(IC50至少为1.1 uM)进行的分子对接验证,并从最终化合物集合中排除预测的交叉结合剂。库中的每个化合物都包含一个金属结合基团,与HDAC活性位点中的催化金属原子(Zn2+)配位。