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GPCR目标库中的每个GPCR靶点(请参阅下方的目标列表)都使用Schrödinger软件进行了准备和优化。一些单个蛋白质结构还通过GROMACS进行了分子动力学模拟以进一步优化。筛选验证的参考化合物集合包含来自ChEMBL数据库的已知和验证过的GPCR抑制剂。采用Glide Docking(Schrödinger)和Unity建模(SYBYL-X)协议进行了对接和筛选过程。对参考化合物集进行对接以提供有关活性配体可能构象和相互作用类型的完整信息,这是高通量筛选(HTS)过程的结果。选择了对16个GPCR靶点具有预测的GPCR拮抗活性的超过9,600种类药样品。潜在GPCR配体的命中排名基于对参考化合物集进行对接获得的评分值。
GPCR目标列表:
- 腺苷A1受体
- 腺苷A2A受体
- 腺苷A3受体
- 肾上腺素α1A受体
- 肾上腺素α2A受体
- 肾上腺素β1受体
- 肾上腺素β2受体
- 多巴胺D1受体
- 多巴胺D2受体
- 组胺H1受体
- 组胺H2受体
- 长效乙酰胆碱M1受体
- 长效乙酰胆碱M2受体
- 5-羟色胺5-HT1A受体
- 5-羟色胺5-HT2A受体
- 5-羟色胺5-HT3受体