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参与基因组表观遗传调控的酶是小分子治疗干预的有希望的起点,DNA甲基转移酶(DNMT)是开发新型癌症治疗药物的新目标。
人类基因组编码了三种活性的DNA甲基转移酶:DNMT1、DNMT3a和DNMT3b。DNMT1在正常和癌细胞中,在复制过程中维持DNA甲基化模式的稳定,对它们的增殖和存活至关重要。DNMT3a和DNMT3b是新型甲基转移酶,在胚胎发育和基因组印记的建立中起着重要作用。对正常和肿瘤细胞的DNA甲基化模式进行分析发现,许多人类肿瘤显示出改变的甲基化特征。
Drug-like Green Collection的虚拟筛选针对DNMT3b和DNMT1的结构经过了与从ChemblDB获得的已知DNMT抑制剂的参考集的验证。通过检查结合位点的关键结构决定因子、筛选具有一定的得分阈值的化合物、根据文献综述确定关键活性位点的分子间氢键以及排除预测的DNMT1和DNMT3b交叉结合物,最终选择了化合物。此外,在选择过程中还应用了由两个氢键给体、两个氢键受体和一个疏水区域组成的三维药效团模型。