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大多数已描述的PDK1抑制剂是ATP竞争性抑制剂,靶向激酶的ATP结合位点。我们分析了十个PDK1抑制剂复合物的PDB结构,并选择在1UU3 PDB条目中记录的结构,以进行潜在抑制剂在Life Chemicals库化合物集中的计算筛选。根据负责蛋白质-配体相互作用的残基特征(Ala162、Ser160、Thr222、Val143、Glu166负责极性相互作用的残基;Leu159、Leu212、Thr222、Val143、Tyr170的疏水区域),构建了蛋白质结合位点的筛选模型。结合位点的查询模型是在UNITY Application(SYBYL-X)中准备的,包括给体、受体和2个疏水位点以及表面体积约束。使用UNITY Flex Search工具对准备的分子集进行虚拟筛选。最终的命中化合物集是通过QFit评分函数进行选择的。