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库设计的关键步骤如下:
数据挖掘 - 使用公共数据库(如PubChem等)选择超过100种药物
在库存中搜索与已批准药物相似的化合物(共有160万个化合物)- 使用Tanimoto(Ti)相似性指标进行比较:
使用循环指纹(ECFP4)进行相似性计算(使用RDKit实现)
使用Mol2Vec表示进行相似性计算
选择与已批准药物的相似性(Ti-similarity)大于0.6的化合物
进行结构多样性选择(使用层次聚类、最小最大算法、Dice相似性或ECFP4等方法)