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库设计:
1、磷酸酶聚焦库 - 第一部分(基于ChEBI-DB、PubChem、DrugBank数据库的相似性搜索)
相似性搜索使用了一组已知的12,516种生物活性化合物作为参考集(在PubChem中活性(IC50等)≤ 1 µM),这些化合物在88项测定中(ChEBI-DBs、PubChem、DrugBank数据库)对59种磷酸酶相关靶点的效力得到了验证。
在Life Chemicals 高通量化合物库中,使用MDL公共密钥和Tanimoto相似度85%的阈值,筛选出与参考数据库中化合物相似的小分子。符合Ro5规则的化合物被纳入,而具有反应性、毒性或PAINS特征的化合物则被排除。最终,超过450种药物样筛选化合物被识别并加入筛选库。
2、磷酸酶聚焦库 - 第二部分(基于ChEMBL数据库的相似性搜索)
基于ChEMBL数据库条目,我们准备了一个包含3,395种独特报道的磷酸酶抑制剂的复合参考集,遵循了公认的最大活性值(IC50 < 1 uM)。随后,使用Sybyl-X的Unity模块生成的2D指纹,对该参考集进行了相似性搜索(Tanimoto相似性截止值为85%)。
这使得我们能够识别并将近6750种已知磷酸酶结合物的密切类似物加入筛选库。